Trái với phức hợp SCF, APC/C được kích hoạt và điều tiết bởi một số tiểu đơn vị gắn vào nó. Một tiểu đơn vị trong số đó là Cdc20, chúng bám vào các APC/C để hoạt hóa và giúp APC/C đánh dấu các securin. Để Cdc và APC/C có thể bám vào với nhau, APC/C phải được phosphorylat hóa bởi cyclin M-Cdk.[9][Gc 1] Còn Cdc20 thì được kích hoạt ở cuối kỳ giữa khi tất cả các tâm động của nhiễm sắc thể kép đã thẳng hàng và đều đã được kết nối với sợi thoi của thoi vô sắc. Nguyên do của việc này là các tâm động đều có đính kèm với các protein Mad2 với chức năng ức chế hoạt tính của Cdc20, bản thân tâm động đóng vai trò như một enzyme giúp hoạt hóa và duy trì hoạt tính của Mad2. Mad2 chỉ bị bất hoạt khi các sợi thoi đã gắn kết hoàn toàn với tâm động; điều này có nghĩa là chỉ khi tất cả các tâm động đều được liên kết với sợi thoi thì Cdc20 mới thoát khỏi sự ức chế của Mad2 và bắt đầu nhiệm vụ của mình. Tâm động của nhiễm sắc thể kép cùng với Mad là hai trong số những nhân tố tham gia vào điểm kiểm soát thoi vô sắc, chỉ cần một tâm động chưa liên kết với sợi thoi cũng đủ để kích hoạt điểm kiểm soát này và ngăn chặn quá trình chuyển tiếp từ kỳ giữa sang kỳ sau của nguyên phân.[10][11]

Một tiểu đơn vị khác, Cdh1 có chức năng kích hoạt khả năng đánh dấu các cyclin M của APC/C - bản thân Cdc20 cũng là "nạn nhân" của Cdh1 để đảm bảo chúng bị tiêu hủy hoàn toàn khi không cần thiết. Cdh1 bám vào APC/C ở giai đoạn cuối của kỳ sau khi các nhiễm sắc thể "con" trong nhiễm sắc thể kép đã cách xa nhau đủ để tế bào mẹ có thể phân chia mà không ảnh hưởng đến sự đồng đều số nhiễm sắc thể ở tế bào con; và chúng bị các phức hợp cyclin G1-CDK phosphoryl hóa và ức chế trong pha G1 để lượng cyclin M tăng trở lại trong kỳ trung gian.[2][5][6][12][13]

Ở đây, trong tế bào động vật, APC/C có thể bị hoạt hóa sớm (ở kỳ trước và kỳ giữa sớm), tuy nhiên các thí nghiệm cho thấy cùng lắm chỉ có cyclin S bị phân giải sớm còn cyclin M và securin vẫn bị phân giải "đúng giờ". Cơ chế để điểm kiểm soát thoi vô sắc trì hoãn sự phân giải sớm của cyclin S và securin vẫn chưa được rõ. Đáng chú ý rằng, việc kích hoạt APC/C bởi Cdc20 cần có cyclin M-CDK; nhưng bản thân APC/C lại có vai trò trong việc phân giải chúng - tức là ở đây bản thân hoạt tính của APC/C đã tự áp chế chính nó. Có thể kiểu áp chế hồi tiếp này là cơ sở cho sự kiểm soát hoạt tính của CDK dựa trên biến thiên vầ nồng độ cyclin S và M.[1]